Do najważniejszych czynników meteorologicznych mających wpływ na wzrost młodych roślin zalicza się: temperaturę i nasłonecznienie, opady i wilgotność powietrza, a także wiatry i opady gradowe.
Temperatura powietrza jest bardzo ważnym czynnikiem w produkcji podkładek i drzewek. Od przebiegu temperatury w okresie lata zależy termin rozpoczęcia i zakończenia wzrostu roślin, intensywność wzrostu, zdrewnienie pędów i przygotowanie się drzewek i krzewów do spoczynku zimowego. Od układu temperatur zależy też długość okresu wegetacyjnego (liczba dni ze średnią temperaturą dobową powyżej 5°C), który dla produkcji podkładek i drzewek owocowych nie powinien być krótszy niż 200 dni. Najbardziej niebezpieczne są temperatury minimalne w okresie późnej jesieni, zimy, a także na przedwiośniu. Temperatury ujemne są szczególnie niebezpieczne po długotrwałych ociepleniach w okresie zimowym lub na przedwiośniu, gdyż powodują przemarzanie pędów i drzewek, tarczek okulizacyjnych, a niekiedy i uszkodzenia systemu korzeniowego.
Światło jest dla roślin zielonych źródłem energii niezbędnej do wytwarzania związków organicznych z dwutlenku węgla i wody. Im silniejsze jest (naturalnie do określonego optimum) nasłonecznienie, tym intensywniej przebiega fotosynteza. W latach słonecznych otrzymujemy zatem lepiej wyrośnięte podkładki i drzewka. W mniej sprzyjających warunkach nasłonecznienia materiał szkółkarski jest słabiej wyrośnięty.
Okresowy niedobór wody w glebie wpływa hamująco na wzrost młodych roślin. W produkcji szkółkarskiej ważny jest rozkład opadów, szczególnie w okresie wiosennym, kiedy rośliny mają największe zapotrzebowanie na wodę. Dla produkcji drzewek ważna jest również ilość opadów w okresie zimy. Pokrywa śnieżna zabezpiecza bowiem glebę od zamarzania, a więc chroni system korzeniowy drzewek od uszkodzeń. Z opadami atmosferycznymi związana jest również wilgotność powietrza.
Wiatry są niebezpieczne dla młodych drzewek w okresie późnowiosennym,kiedy młode okulanty są słabo zrośnięte z podkładką. Silne wiatry powodują pochylanie się, wyłamanie i wyginanie pni drzewek. A więc należy unikać zakładania szkółek na terenach narażonych na silne wiatry. W razie konieczności rzędy podkładek zaleca się sadzić równolegle do kierunku silnych wiatrów. Opady gradu powodują uszkodzenia młodych pędów i liści. Stopień uszkodzenia pędów, drzewek i krzewów zależy od wielkości bryłek gradu i jest niekiedy tak silny, że rośliny nie mogą być zakwalifikowane do obrotu. Największe straty występują wśród młodych drzewek czereśni i wiśni. W produkcji podkładek drzew i krzewów należy unikać rejonów, w których opady gradu występują często.