Program przygotowania gleby w każdej dobrze prowadzonej szkółce powinien zapewnić wytworzenie właściwej gruzełkowatej struktury, wzbogacenie gleby w składniki pokarmowe, a także zmniejszenie w niej do minimum występowania drobnoustrojów szkodliwych dla drzewek.
Bardzo duża uwaga powinna być zwrócona na oczyszczenie gleby z trwałych chwastów, które wpływają ujemnie na wzrost drzewek i znacznie podrażają koszty ich produkcji.
Chwasty trwałe, jak perz, najlepiej jest niszczyć chemicznie przez stosowanie Antyperzu płynnego w dawce 50-80 l/ha lub Antyperzu stałego 66 w dawce 30-40 kg/ha. Preparat ten najskuteczniej niszczy perz na glebie podoranej i skultywatorowanej. W niektórych rejonach kraju, szczególnie po trawach i na terenach w pobliżu lasów liściastych, występuje niekiedy w glebie duża ilość pędraków. Przy zakładaniu szkółek na takich terenach konieczne jest, oprócz odpowiedniego zmianowania roślin, stosowanie przed orką Pędraczaka w ilości 50-100 kg/ha.
Bardzo ważnym elementem właściwego przygotowania gleby jest jej uprawa, którą należy umiejętnie wprowadzić do zmianowania. Celem stosowania uprawy jest pogłębianie warstwy próchnicznej, stworzenie gruzełkowatej struktury i zmniejszenie występowania chwastów trwałych. Najlepsze wyniki daje wykonanie głębokiej orki (około 30 cm) z pogłębiaczem i jednoczesnym zastosowaniem obornika. Zabieg ten można przeprowadzić wcześniej pod rzepak czy rośliny motylkowe.
Do bardzo ważnych zabiegów w przygotowaniu gleby pod produkcję drzewek owocowych zalicza się nawożenie organiczne. Produkcja drzewek bez obornika jest prawie niemożliwa. Dlatego w programie przygotowania gleby powinno być zawsze uwzględnione nawożenie obornikiem lub siew roślin na nawozy zielone na rok przed założeniem szkółki. Wielkości dawek obornika i częstotliwość ich stosowania zależy od zasobności gleby w próchnicę, której zawartość powinna wynosić około 2,5%. Gleby zwięzłe należy nawozić obornikiem rzadziej, lecz w większych ilościach (50-70 t/ha), natomiast gleby lżejsze częściej i w mniejszych dawkach (40-50 t/ha). Stosowanie niższych dawek jest bezcelowe i nie przynosi spodziewanych efektów.
Bardzo ważną rolę w przygotowaniu gleby pod szkółkę drzewek owocowych odgrywa wapnowanie i nawożenie nawozami magnezowymi, które podobnie jak obornik stosuje się co kilka lat. Maksymalne działanie tych nawozów powinno przypadać na drugi rok prowadzenia szkółki. Najskuteczniej zatem jest nawozić magnezem i wapnem na rok przed sadzeniem podkładek. Wielkość polecanych dawek zależy od odczynu gleby. Dlatego przed założeniem szkółki konieczne jest sprawdzenie go i zastosowanie właściwych dawek. Jednorazowe dawki nawozów wapniowych zależnie od zwięzłości gleby wahają się od 1 do 2 t/ha. Na glebie kwaśnej o niskim poziomie magnezu należy stosować nawozy wapniowo-magnezowe.
Wysokość dawek nawozów mineralnych najlepiej jest określić przed założeniem szkółki, na podstawie chemicznej analizy próbek gleby pobranych z warstwy próchnicznej od 0 do 20 cm. Przez porównanie otrzymanych wyników i liczb granicznych stacje chemiczno-rolnicze ustalają wysokość dawek nawozów mineralnych. Dawki nawozów mineralnych w czystym składniku zależnie od naturalnej zasobności gleby, a szczególnie od nawożenia obornikiem będą wahały się od 80 do 140 kg potasu i od 30 do 70 kg fosforu na 1 ha. Związki potasu i fosforu są silnie zatrzymywane w glebie i wolno przemieszczają się do warstw głębszych. Nawozy potasowe i fosforowe zaleca się stosować jednorazowo przed zakładaniem szkółki, najlepiej przed wykonaniem głębokiej orki jesiennej. Nawozy azotowe stosuje się wczesną wiosną. Wysokość dawek azotu w przeliczeniu na czysty składnik powinna wahać się od 40 do 80 kg/ha. Na glebach wymagających uzupełnienia magnezu należy stosować nawozy magnezowe. Dawka magnezu w czystym składniku waha się od 50 do 100 kg/ha, zależnie od zasobności gleby. Na glebach wymagających jednocześnie wapnowania należy stosować nawozy wapniowo-magnezowe co 3-4 lata, aż do osiągnięcia właściwego odczynu gleby. Magnez z gleby może być pobierany najwcześniej dopiero po roku. Dlatego dla usunięcia objawów niedoboru magnezu na podkładkach przeznaczonych do okulizacji zaleca się wykonywać 2-3 opryskiwania liści 2-procentowym roztworem uwodnionego siarczanu magnezowego. Opryskiwanie rozpoczynamy zwykle od końca maja, powtarzając zabieg co 7-10 dni.