Prace wiosenne rozpoczynają się zwykle od przycięcia jesienią sadzonych podkładek na wysokość 20-40 cm od ziemi. Możliwie wcześnie należy również przystąpić do sadzenia wiosennego podkładek i wcześnie pracę tę zakończyć. Na kwaterach podkładek sadzonych jesienią należy jak najwcześniej wiosną wysiać rzutowo nawozy azotowe w ilości 40-80 kg czystego składnika na 1 ha. Wielkość dawki należy uzależnić od naturalnej żyzności gleby i jakości posadzonych podkładek. Wysiane nawozy miesza się z ziemią przez planetowanie. Dalsze spulchnianie ub planetowanie gleby zależy od stosowanej metody zwalczania chwastów. Przy mechanicznym zwalczaniu chwastów planetowanie szkółki przeprowadza sie kilka razy w ciągu okresu wegetacji. Chwasty w rzędach niszczy się ręcznie.
W dużych szkółkach coraz powszechniej stosowane jest chemiczne zwalczanie chwastów. Do zwalczania chwastów na kwaterach podkładek drzew ziarnkowych zaleca się Gesatop w dawce 3-5 kg lub Gesaprim w dawce 2-4 kg/ha. Na kwaterach podkładek drzew pestkowych stosuje się niższe dawki. Dobrym środkiem okazał się również Afalon, preparat mocznikowy stosowany w dawce 1,5-2,5 kg/ha. Zalecane dawki herbicydów na 1 ha powinny być rozpuszczone w 600-800 litrach wody. Przygotowaną cieczą opryskuje się równomiernie całą powierzchnię gleby. Po opryskaniu gleby herbicydami należy ograniczyć spulchnianie jej w międzyrzędziach, szczególnie przez pierwsze dwa miesiące.
Ochrona podkładek w szkółce ograniczona jest do zwalczania tylko niektórych chorób i szkodników pojawiających się sporadycznie. Szczególną uwagę należy zwrócić na ochronę czereśni ptasiej przed drobną plamistością liści drzew pestkowych. Wszystkie choroby i szkodniki należy zwalczać w sposób opisany w rozdziale o produkcji podkładek generatywnych.