Siewki jabłoni, grusz i czereśni ptasiej od samego początku są silnie porażane przez choroby i szkodniki. Ochrona przeciw tym chorobom musi być prowadzona od momentu pojawienia się pierwszych liści.
Do walki z parchem jabłoni na siewkach Antonówki polecane są na zmianę następujące preparaty: Kaptan zawiesinowy 50 w stężeniu 0,2%, Syllit 0,1 %, lub Rubigan 0,03% i Saprol 0,1%. Skuteczną ochronę zapewnia się wykonując w zależności od pogody od 8 do 12 opryskiwań.
Do zwalczania mączniaka na siewkach jabłoni i grusz zaleca się następujące preparaty: Siarkol extra w stężeniu 0,5-0,7%, Morestan 0,1%, a także Nimrod 25 EC w stężeniu 0,05% lub Bayleton 5 WP 0,075% albo Rubigan 0,03%. Skuteczną ochronę przed mączniakiem uzyskujemy przez opryskiwanie co 7-10 dni w okresie intensywnego wzrostu siewek, do końca sierpnia; należy tu przewidzieć 10-12 opryskiwań w okresie wegetacji.
Drobną plamistość liści czereśni ptasiej zwalczamy preparatem Syllit lub Dodinox w stężeniu 0,1 % począwszy od końca maja. Zabieg stosujemy co 10 dni, 4-5 razy. Przy dużej ilości opadów liczbę zabiegów należy zwiększyć do 6-7 razy.
Na młodych siewkach mogą pojawiać się niekiedy mszyce i inne szkodniki zjadające liście. Mszyce zwalcza się w okresie wegetacji następującymi preparatami: Metasystox (i) forte 0,05%, Tinox 25 0,1%, Bi 58 EC 0,1%, Fekama dichlorfos 0,1%, a także Pirimor 50 DP 0,05-0,1% oraz Zolone 0,2%. Preparat Zolone skutecznie zwalcza również gąsienice zjadające liście.
Wykopywanie podkładek rozpoczynamy późną jesienią po pierwszych przymrozkach, gdy część liści opadnie. Pozostałe liście należy usunąć (najczęściej robi się to ręcznie). Podkładki wykopuje się ręcznie lub maszynowo przez podcinanie korzeni i podważanie przy tym ziemi pługiem szkółkarskim. Z uniesionej do góry ziemi pracownicy dosyć łatwo wyciągają podkładki. Bezpośrednio po wykopaniu niezbędne jest staranne zabezpieczenie podkładek, a zwłaszcza ich korzeni przed wyschnięciem.
W zależności od organizacji pracy podkładki mogą być sortowane na polu lub też przewożone do specjalnych pomieszczeń – sortowni lub dołowni. Tam przeprowadza się sortowanie podkładek na dwa wybory (I i II).
Podkładki odpowiadające wymaganiom normy powinny mieć pęd prosty i system korzeniowy prawidłowo rozwinięty bez fajkowatych zakrzywień przy szyjce korzeniowej.
Pędy i korzenie powinny być zdrowe, nie zasuszone, o wyglądzie właściwym dla danego gatunku. Po zakończonym sortowaniu i powiązaniu podkładek w pęczki po 50 sztuk, do każdego z nich należy przymocować dwie etykiety z trwałym jednobrzmiącym napisem.